Double-strand specific DNases
双链特异性DNA酶家族
描述
双链特异性DNA酶(dsDNases)是一种独特的双链特异性内切酶。由于它们不能水解单链DNA(ssDNA)或RNA,可以在其他核酸存在的情况下,专门用dsDNases来去除双链DNA(dsDNA)。该酶类的热不稳定性,使它们更适用于DNase必须灭活的应用中。该酶类包含两种,分别是dsDNase和HL-dsDNase。
底物特异性
dsDNases对不同类型DNA及RNA的酶切活性数据(反应条件:25 mM Tris pH 7.5, 5 mM MgCl2, 2 µM Oligonucleotide)。

酶学特征
| dsDNase | HL-dsDNase |
来源 | Pichia pastoris重组表达 | Pichia pastoris重组表达 |
热灭活 | 65℃ 15min或 60℃ 20min,1mM DTT、pH≥8条件下完全灭活 | 58℃ 5min,1mM DTT、pH≥8条件下完全灭活 |
酶活定义 | 一个单位酶量是指在100 mM乙酸钠(pH 5.0)、5 mM MgCl2反应体系中,酶切50 µg/ml高分子量DNA,每分钟引起260nm处0.001吸光值变化对应的酶量。 | 一个单位酶量是指在100 mM乙酸钠(pH 5.0)、5 mM MgCl2反应体系中,酶切50 µg/ml高分子量DNA,每分钟引起260nm处0.001吸光值变化对应的酶量。 |
酶比活 | 4x10^5 Kunitz Units/mg | 2x10^5 Kunitz Units/mg |
酶活条件 | Effective temperature: 20 - 40 ℃; Optimal pH: 7.5; Mg2+ ≥2.5 mM | Effective temperature: 20 - 40 ℃; Optimal pH: 7.5; Mg2+ ≥2.5 mM |
纯度 | apparent homogeneity | apparent homogeneity |
储存体系 | 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 2 mM MgCl2, 10 mM NaCl, 0.01% (v/v) Triton X-100, 50% (v/v) glycerol | 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 2 mM MgCl2, 10 mM NaCl, 0.01% (v/v) Triton X-100, 50% (v/v) glycerol |
保质期 | 4℃存放至少半年,-20℃存放至少3年;该产品耐受多次冻融操作。 | -20℃存放至少2年,该产品耐受多次冻融操作。 |
应用 | 去除PCR mastermix中的污染 | 在RNA提取中去除gDNA污染 |
双链特异性DNA内切酶 (dsDNase)
优势
双链特异性DNA内切酶;
容易热灭活;
不能降解引物片段;
能够从PCR Mastermix中快速去除DNA污染。
描述
dsDNase是一种内切核酸酶,能够酶切DNA中的磷酸二酯键,产生含有5‘-磷酸根和3’-羟基末端的寡核苷酸。dsDNase具有很高的比活,估计比牛源DNase I高30倍。且dsDNase具有热不稳定性质。dsDNase对双链DNA (dsDNA) 有特别强的偏好;在镁作为唯一的二价阳离子条件下,以寡核苷酸为底物,酶切dsDNA的活性比酶切ssDNA的活性高5000倍。因此,这种酶可以用来特异降解dsDNA,使ssDNA基本完整。
热灭活

Figure 1. 65℃条件下dsDNase的活性变化。65℃条件下,60 Units的dsDNase孵育在200 µl体系中,每隔固定时间取样进行活性检测。
应用:去除PCR Mastermix的DNA污染
市售的大部分Taq聚合酶都有细菌DNA污染。DNA污染会产生假阳性结果,——这在基于PCR技术的微生物分型方面是急需解决的问题。dsDNase的特性使其非常适用于DNA模板添加之前去除PCR Mastermix中的DNA污染。如Figure 2所示,先用不同量的dsDNase处理PCR mastermix,然后用广谱性细菌DNA特异引物检测mastermix中残留的细菌DNA。结果表明,只有未处理的PCR mastermix才有DNA背景信号。

Figure 2. 用0, 0.5, 1及5 Units dsDNase处理PCR体系。所有dsDNase实验组几乎完全去除了DNA,而对照组仍能扩增出阳性结果。
去除PCR Mastermix的DNA污染流程

References
Adenosine and hyaluronan promote lung fibrosis and pulmonary hypertension in combined pulmonary fibrosis and emphysema. Collum SD, Molina JG, et al. Disease Models & Mechanisms. 2019;12: dmm038711.
Illumina sequencing of clinical samples for virus detection in a public health laboratory. Huang B, Jenison A, Whiley D, McMahon J, Hewitson G, Grahma R, De Jong A, Warrilow D. Scientific Reports. 2019: 9: 5409.
Analysis of Ancient DNA in Microbial Ecology. Gorgé O, Bennett EA, Massilani D, Daligault J, Pruvost M, Geigl EM, Grange T. Microbial Environmental Genomics (MEG), Methods in Molecular Biology. 2016; 1399:289-315.