Double-strand specific DNases
双链特异性DNA酶家族
描述
双链特异性DNA酶（dsDNases）是一种独特的双链特异性内切酶。由于它们不能水解单链DNA（ssDNA）或RNA，可以在其他核酸存在的情况下，专门用dsDNases来去除双链DNA（dsDNA）。该酶类的热不稳定性，使它们更适用于DNase必须灭活的应用中。该酶类包含两种，分别是dsDNase和HL-dsDNase。
底物特异性
dsDNases对不同类型DNA及RNA的酶切活性数据（反应条件：25 mM Tris pH 7.5, 5 mM MgCl2, 2 µM Oligonucleotide）。
酶学特征
| dsDNase | HL-dsDNase |
来源 | Pichia pastoris重组表达 | Pichia pastoris重组表达 |
热灭活 | 65℃ 15min或 60℃ 20min，1mM DTT、pH≥8条件下完全灭活 | 58℃ 5min，1mM DTT、pH≥8条件下完全灭活 |
酶活定义 | 一个单位酶量是指在100 mM乙酸钠（pH 5.0）、5 mM MgCl2反应体系中，酶切50 µg/ml高分子量DNA，每分钟引起260nm处0.001吸光值变化对应的酶量。 | 一个单位酶量是指在100 mM乙酸钠（pH 5.0）、5 mM MgCl2反应体系中，酶切50 µg/ml高分子量DNA，每分钟引起260nm处0.001吸光值变化对应的酶量。 |
酶比活 | 4x10^5 Kunitz Units/mg | 2x10^5 Kunitz Units/mg |
酶活条件 | Effective temperature: 20 - 40 ℃； Optimal pH: 7.5; Mg2+ ≥2.5 mM | Effective temperature: 20 - 40 ℃； Optimal pH: 7.5; Mg2+ ≥2.5 mM |
纯度 | apparent homogeneity | apparent homogeneity |
储存体系 | 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 2 mM MgCl2, 10 mM NaCl, 0.01% (v/v) Triton X-100, 50% (v/v) glycerol | 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 2 mM MgCl2, 10 mM NaCl, 0.01% (v/v) Triton X-100, 50% (v/v) glycerol |
保质期 | 4℃存放至少半年，-20℃存放至少3年；该产品耐受多次冻融操作。 | -20℃存放至少2年，该产品耐受多次冻融操作。 |
应用 | 去除PCR mastermix中的污染 | 在RNA提取中去除gDNA污染 |
双链特异性DNA内切酶 (dsDNase)
优势
双链特异性DNA内切酶；
容易热灭活；
不能降解引物片段；
能够从PCR Mastermix中快速去除DNA污染。
描述
dsDNase是一种内切核酸酶，能够酶切DNA中的磷酸二酯键，产生含有5‘-磷酸根和3’-羟基末端的寡核苷酸。dsDNase具有很高的比活，估计比牛源DNase I高30倍。且dsDNase具有热不稳定性质。dsDNase对双链DNA (dsDNA) 有特别强的偏好；在镁作为唯一的二价阳离子条件下，以寡核苷酸为底物，酶切dsDNA的活性比酶切ssDNA的活性高5000倍。因此，这种酶可以用来特异降解dsDNA，使ssDNA基本完整。
热灭活
Figure 1. 65℃条件下dsDNase的活性变化。65℃条件下，60 Units的dsDNase孵育在200 µl体系中，每隔固定时间取样进行活性检测。
应用：去除PCR Mastermix的DNA污染
市售的大部分Taq聚合酶都有细菌DNA污染。DNA污染会产生假阳性结果，——这在基于PCR技术的微生物分型方面是急需解决的问题。dsDNase的特性使其非常适用于DNA模板添加之前去除PCR Mastermix中的DNA污染。如Figure 2所示，先用不同量的dsDNase处理PCR mastermix，然后用广谱性细菌DNA特异引物检测mastermix中残留的细菌DNA。结果表明，只有未处理的PCR mastermix才有DNA背景信号。
Figure 2. 用0, 0.5, 1及5 Units dsDNase处理PCR体系。所有dsDNase实验组几乎完全去除了DNA，而对照组仍能扩增出阳性结果。
去除PCR Mastermix的DNA污染流程
References
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